.NET 4.0 Web应用使用反射技术，Jexus不支持嘛？无法根据类名进行解析。

找到问题原因了，是因为反射类的路径问题

祝贺！

在Linux上，一定要小心路径。比如路径分隔符、大小写等等，很多问题都出在这个方面。

string path = AppDomain.CurrentDomain.BaseDirectory;
以上可以获取到项目发布的路径，在Jexus中是以/var/www/xxx 形式返回

原先Windows下代码中找路径的时候使用的是\ ,但是这个在linux下不识别，必须先转换成/ 才可以，如下：
string[] fs = System.IO.Directory.GetFiles(BasePath+"/bin", "AT.*.dll");

你这种“硬拼”路径的做法应该尽量避免，正确的路径合成方法应该用Path.Combine()，如：
Path.Combine(BasePath,"bin","xxx.dll")
Combine方法，会自动根据不同的操作系统给你使用不同的路径分隔符。